‚Česká‘ mutace nejspíš nepochází z Česka. ‚Výhledově se jí nemusíme bát,‘ říká expertka, jež ji zkoumala
S mutací koronaviru B.1.258 se potýkáme od srpna, a i když se objevila také jinde v Evropě, v Česku jí vědci zaznamenali zdaleka nejvíc. Proto si vysloužila pojmenování „česká“. Hlavní znaky této varianty popsala se svým týmem slovenská bioinformatička Broňa Brejová. „Víme, že ‚česká‘ mutace zvyšuje ve zkumavkách schopnost viru infikovat buňky,“ řekla v rozhovoru pro iROZHLAS.cz. Jestli ale v Česku způsobila silnou druhou vlnu, je stále záhadou.
Koronavirus neustále drobně mutuje. Co vás přimělo k tomu se zaměřit právě na variantu B.1.258, která se začalo říkat „česká“?
Všimli jsme si, že na Slovensku byla poměrně rozšířená, poprvé to bylo v říjnu. A na základě vzorků, které vaši vědci poslali do celosvětové databáze, jsme si zároveň všimli, že je poměrně rozšířená v Česku.
Kdo je Broňa Brejová?
- pracuje jako bioinformatička na Fakultě výpočetní techniky při Univerzitě Komenského v Bratislavě
- v minulosti působila například na americké Cornellově univerzitě nebo kanadské Univerzita ve Waterloo
- v současnosti se na Slovensku podílí na sekvenování vzorků koronaviru
- na serveru virological.org na začátku února společně s kolegy uveřejnila studii o „české” mutaci tohoto viru
Došlo u nás také k mírné záměně. Ta takzvaná česká mutace anebo B.1.258 má společnou jednu mutaci s tou britskou B.1.1.7, o které se začalo mluvit okolo Vánoc. Mají obě stejnou charakteristickou deleci (typ mutace, pozn. red), tedy ztrátu šesti nukleotidů, tedy těch šesti RNA písmen. Navíc se ztráta vyskytuje v genu, který kóduje známý spike protein, tedy protein, kterým se virus váže na povrch lidských buněk. Je to důležitá změna.
A protože se i na Slovenku začalo debatovat o tom, jestli u nás je britská varianta viru, tak se vědci snažili ověřit, jestli je v nějakých slovenských vzorcích tato delece. Zjistili, že je, a předpokládali, že by to mohla být britská mutace.
Už jsme ale tehdy věděli, že ta mutace B.1.258 má také stejnou deleci a že se předtím vyskytla na Slovensku. Předpokládali jsme proto, že to nebude britská, ale „česká“ varianta. To se pak dalšími podrobnějšími testy potvrdilo.
V říjnu bylo na Slovensku málo té britské, ale stále tady bylo velké zastoupení české. To nás přimělo napsat krátkou studii, ale zajímavé bylo, že se to velmi rychle překlopilo. Na Slovensku už jsme na začátku února měli naopak o hodně víc britské a poměrně málo té „české“. Britská ji velmi rychle vytlačila.
Říkáte, že mutaci způsobila ztráta šesti nukleotidů, tedy šesti „písmenek“ v kódu. Proč se to stane?
Mutace je nějaká změna a každá z těch variant je charakteristická sérií mutací. Většinou se jedno písmenko zamění za jiné, ale u některých se i něco ztratí nebo přidá. A děje se to proto, že virus si pomocí našich buněk a proteinů kopíruje svoji RNA. Vnikne do buňky a chce udělat spoustu nových virových částic a nakopírovat svoji RNA. A přitom se někdy stane malá chyba. Jsou to náhodné chyby.
Mění se kvůli ní trasování a podle expertů bude do 14 dnů dominovat. Co víme o britské mutaci koronaviru?
Číst článek
Pak také existuje domněnka, že lidské buňky se i trochu brání proti virům tím, že jim tam jistým způsobem dělají další chyby. Hlavní ale nejspíš budou chyby při kopírování. Neustále tam vznikají malé změny. A buď se náhodně jedna rozšíří, nebo ta změna může představovat výhodu pro virus a potom je efektivnější ve svém fungování, potlačí ostatní a rozšíří se.
Má tedy každý stát – nebo spíš řekněme každý region – svou variantu koronaviru, která ani nemusí být efektivnější, ale prostě se drobně liší?
Bylo by to tak, kdyby lidé moc necestovali. Ale i přesto, že jsou všude restrikce, tak stále vidíme, že virus se přenáší mezi zeměmi. Proto někdy mluvíme o variantách, které se jmenují podle zemí. Někde se objevily a chvíli se šířily jen tam, ale nakonec stejně někdo cestoval a přenesl je.
Na druhou stranu se opravdu mutace dějí neustále. V průměru v jedné linii viru, kterou bychom sledovali v historii, tak vznikne okolo dvou mutací za měsíc. Už jen když vezmete lokální ohnisko ve městě a najdete osobu, kterou byste uměli vytrasovat přes několik přenosů až ke zdroji, tak může mít drobnou mutaci a bude se mírně lišit. Samozřejmě v jiném městě zase budou jiné.
Je jich opravdu hodně, ale skupiny konkrétních forem, které mají společný původ z jednoho zdroje a sdílejí několik mutací, se pak nazývají čísly nebo názvy.
‚Mohla vzniknout kdekoli‘
Proč mutaci B.1.258 říkáme „česká“? Je to vůbec vhodný název?
Jestli je to vhodný název, je otázka. U britské mutace předpokládáme, že opravdu vznikla ve Velké Británii a šířila se dál, ale u české vlastně nevíme. Pravděpodobně v Česku nevznikla, ale ani to neumíme vyloučit. První výskyt se našel ve Švýcarsku 1. srpna a o den později ve Velké Británii. V obou zemích to pak bylo několik vzorků, takže už byla ta varianta nejspíš rozšířená. Mohla vzniknout kdekoli.
Analýza PCR testů: Opatření na britskou mutaci nefungují, počty nakažených budou strmě růst
Číst článek
Jediným důvodem, proč ji tak pojmenovat, je, že v Česku dosáhla poměrně velkého zastoupení. Možná většího než jinde. Jinak není specificky „česká“, nachází se i v jiných zemích, hlavně v Evropě.
Existuje vysvětlení, proč zrovna Česko se stalo místem, kde se dobře šířila?
Opravdu netuším, je to pro mě záhada. I v jiných krajinách dosáhla určitého zastoupení, měla šanci se rozšířit i víc, ale nestalo se to. Například v Dánsku, odkud máme hodně dostupných dat, tak se poměrně rychle dostala na desetiprocentní zastoupení, a pak se držela v rozmezí od deseti do šestnácti procent. Ale v Česku a i na Slovensku měla dost vysoké zastoupení.
Jestli to byla náhoda nebo jestli to bylo tím, že v obou zemích rychle nastoupila druhá vlna a podařilo se jí tedy tady být v pravém čase, nebo jestli byla příčinou horší druhé vlny, to opravdu nevím.
Už jste zmínila jednu z těch změn u „české“ mutace. Co podobné změny pro tu variantu znamenají pro lidi?
To ještě není jasné. Vědci je studují, ale je to obtížné. Jedním způsobem je dělat to v laboratoři, ale to nám nepoví tolik o tom, jak to bude reálně fungovat v člověku, který má imunitní systém a tak dál. Víme, že „česká“ delece zvyšuje ve zkumavkách schopnost viru infikovat buňky.
Potom je tam ještě jedna mutace, která v tom spike proteinu mění na pozici 439 aminokyselinu. A o ní se ví, že zvyšuje schopnost proteinu vázat se na lidský receptor. A jsou tam i další změny, u kterých nevíme, co znamenají. Mohou souviset s tím, jak dobře se ten virus kopíruje v RNA, ale nevíme, jestli jsou to pro něj důležité změny, nebo ne.
Největší obavy u všech těchto mutací jsou spojené s tím, že mohou zvyšovat infekčnost. U tohoto nevíme, nejsou na to dobré studie, jestli zvyšuje infekčnost u reálných lidí. Ale je to možné, u britské mutace je to už prokázané, protože se v mnohých zemích poměrně rychle rozšířil na úkor jiných forem. Může být i obava, že způsobuje horší průběh onemocnění, ale na to bychom zase potřebovali u „české“ formy více dat.
Možná nejvyšší obava ale souvisí s očkováním, u kterého doufáme, že nám pomůže ukončit pandemii. Očkování ve vás totiž vytvoří protilátky proti konkrétní formě spike proteinu a pokud ji virus bude mít dostatečně odlišnou, tak ho protilátky nemusí umět rozpoznat. Zatím se zdá, že očkování téměř vždy poskytuje alespoň nějakou ochranou.
A máme data k tomu, jestli je třeba infekčnější pro děti nebo těhotné ženy?
O tom nevím.
‚Bojovali jsme s ní celý podzim‘
Často srovnáváte „českou“ variantu s britskou. Dá se laicky říct, že jsou to sestry nebo sestřenice? Jsou si opravdu tak blízké?
Jsou si trochu blízké. Vznikly v podobném čase, možná pár měsíců od sebe. Mají společnou ztrátu šesti nukleotidů, v tom jsou si podobné. Také se šířily v různých evropských zemích, i když britská více.
Francie se obává šíření nakažlivějších mutací koronaviru. Nemocnice přešly do krizového režimu
Číst článek
Britská má ale zase mnoho podobností s těmi dalšími, jako je jihoafrická a s jednou z těch brazilských, protože mají další společnou mutaci. Vždy se najde pár podobností.
Mění se tedy tímto objevem něco? Máme si tu mutaci přidat na seznam toho, čeho se obávat?
V Česku už je v podstatě od srpna a je poměrně rozšířená. To samé na Slovensku. To je to, s čím už teď bojujeme a s čím jsme bojovali celý podzim. I když jen do určitého procenta, nebyly to všechny nákazy. Na Slovensku to přetlačila britská varianta, a i v Česku, i když to jde pomaleji, tak se to pravděpodobně stane. Svým způsobem je to něco, co jsme tu měli dosud a víme, co to u nás dělá. Nemáme to vědecky vyčíslené, ale není to něco, čeho bychom se nutně měli bát do budoucnosti.
Jen jsme tedy trochu víc poznali svého nepřítele?
Ano, toho, který už tu s námi měsíce je.
Myslíte, že ta britská varianta tedy postupně úplně přetlačí „českou“?
Asi je pravda, že některé formy vymírají a nahrazují je nové a je možné, že „česká“ úplně zmizí. Zatím se zdá, že se alespoň v nějakém procentu drží. Teoreticky se může stát, že v rámci české vznikne nová mutace, která ji udělá opět infekčnější a může začít přetlačovat jiné nebo vymizí úplně. Těžko se dá předpokládat. Momentálně je na Slovensku spíš na ústupu.
V Česku k tomu data nemáme, jestli je na ústupu?
Poslední data jsem neviděla.
V souvislosti s tím, jak jste říkala, že může „česká“ varianta mutovat dál, mě ve vaší studii zaujala poznámka o variantě B.1.258.17, která „nahromadila větší počet mutací než jiné vzorky“. Co to znamená?
Jak jsem říkala, varianta B.1.258 má společný původ, ale postupně, jak se přenášela na různé lidi, tak se v ní hromadily změny. Opravdu dnes už je hodně podvariant, které vědci číslují. Nestudovali jsme to podrobněji, ale všimli jsme si, že jedna ta varianta nahromadila několik dalších změn, některé i ve spike proteinu, i když v jiných částech, než jsou ty nejsledovanější. Potenciálně je možné, že tato nebo jiná forma se mohou stát infekčnější. Ale nevíme.
Sekvenovat musí všechny země
Ve studii píšete, že jste kromě sekvenčních analýz použili i deleci. Jak těžké je nějakou variantu odhalit?
My jsme ji neobjevili. Varianty stále vznikají, je jich opravdu hodně. U některých z nich se virus osekvenuje. V databázi už je více než půl milionu osekvenovaných vzorků a hodně z nich má specifické mutace. Všechny se nedají zkoumat.
Evropské země se snaží obrnit před mutacemi z Brazílie a JAR. Co o nakažlivějších variantách víme?
Číst článek
Funguje to tak, že až když si někdo všimne, že skupina podobných virů se někde šíří a nebo má zvláštní vlastnosti, tak tehdy dostanou jméno. My jsme té skupině číslo nedali, to udělali vědci, kteří ji tím označili za potenciálně zajímavou. V rámci toho jsme ale řekli, že tato podskupina má určité změny a šíří se v několika zemích. Zároveň jsme ukázali data o tom, že pacienti ze Slovenska, kteří měli tento virus, tak měli i větší virovou nálož.
Neustále se objevují takové skupinky, ale možná si jich nikdo nebude načas všímat a pak se třeba ukáže, že se chovají zvláštně, tak se jim bude věnovat větší vědecká pozornost.
V médiích se objevují informace o tom, že se v Česku málo sekvenuje, je to tak i z vašeho pohledu?
Na Slovensku se sekvenuje ještě méně, i když teď nastala snaha to zlepšit. Pravděpodobně i v Česku ty snahy jsou. Určitě obě země nepatří v tomto mezi lídry, to je Velká Británie a Dánsko. Jedné zemi ale až tak nepomůže, aby byla osamoceným ostrovem sekvenování, ale je dobré, když to dělají všechny země a posílají data do mezinárodních databází. Pak se tam dají hledat trendy, které nás mohou upozornit na nebezpečí.
Odborníci se ale spíše obávají jihoafrické nebo brazilské mutace koronaviru. Jsou i z vašeho pohledu tyto varianty problematičtější?
Určitě. A to i proto, že nevíme, jestli se například na Slovensku vyskytují. Ještě má smysl se proti ní bránit. Britské varianty už je u nás více než 70 procent, té se už neubráníme, už tu je. I v Česku už má celkem vysoké zastoupení. U mutací, které se tu ale skoro nevyskytují, se ještě dá trasovat a snažit se je udržet. U těchto dvou je navíc obava, že očkování na ně nebude tak účinné, mají totiž dostatečně změněný spike protein. Mohou tak nakazit i někoho, kdo už nemoc prodělal.
Jsou kromě britské, jihoafrické, brazilské a dánské ještě nějaké podstatné mutace, které byly u koronaviru SARS-CoV-2 objeveny?
Tyto jsou asi nejdůležitější. Viděla jsem už i debaty o kalifornské, ale o té se toho ještě moc neví. Ve Velké Británii potom sledují další mutaci. Ale ještě nevíme, jestli budou mít znepokojivé chování. V Brazílii je potom několik potenciálně nebezpečných forem.
Čím to je, že v Brazílii je hned několik mutací?
Jsou rozšířené v různých regionech. Jedna je z Amazonie, další z velkého města. Částečně mají společný původ, ale vznikly tam různé kombinace mutací. Na obě je potřeba dát si pozor.
