Filip Müller se do sonderkomanda dostal v květnu roku 1942 za trest, protože byl přistižen při krádeži vody. "Esesman mě do krematoria zavedl právě, když tam leželo několik set ještě oblečených mrtvol i se zavazadly," vzpomínal Müller. "Pět vězňů tam už pracovalo, dopravovali jsme mrtvoly do pecí."

Mezi členy sonderkomanda byli také lékaři a zubní technici, kteří museli mrtvým prohlížet ústní dutiny a vytrhávat z nich zlaté zuby. Ty se házely do uzamčených beden, pak se čistily a tavily do půlkilogramových krychlí. Odhaduje se, že se z Osvětimi během války do Německa vyvezlo asi 6 tun zubotechnického zlata.

Ve skladištích nazývaných Kanada se třídily veškeré osobní věci, které si s sebou lidé z transportů přivezli: šaty, obuv, šperky, hodinky, peníze v hotovosti. Nacistům se však hodily i ženské vlasy - jedna bavorská firma z nich vyráběla plsť na bačkory a matrace. Členové sonderkomanda proto museli zemřelým ženám stříhat vlasy a ukládat je do zvláštních pytlů.

Filip Müller vzpomínal, že v červnu roku 1942 navštívil Osvětim Heinrich Himmler. Před návštěvou říšského vůdce SS se dozorci snažili tábor vypulírovat, uklízelo se celý den. Himmler si podle Müllera všechno důkladně prohlížel, ale když v krematoriu viděl zakrvácené šaty obětí, rozčílil se: "Oděvy těch psů potřebujeme pro naše německé lidi! To je přeci škoda, když se lidé plynují v šatech!" Na tento popud pak byly do plynových komor nainstalovány sprchové hlavice a příchozí z transportů se museli před smrtí vysvléknout pod záminkou, že se jdou sprchovat.

Život členů sonderkomanda byl zpravidla jepičí a zemřelí byli nahrazováni nováčky. Ti se ale často hned v prvních hodinách hroutili a snažili se spáchat sebevraždu. Pokus o ukončení vlastního života byl trestán krutým mučením; nejsnazším způsobem, jak se zabít, bylo vmísit se mezi dav odvlečený do plynových komor. O takovou sebevraždu se pokusil i Filip Müller. Jedna z žen ho však z komory vystrkala ven. "Svou smrtí nás nezachráníš. Musíš přežít, musíš utéct, musíš povědět světu, co se nám tu stalo," řekla mu.

Müller tedy zvolil život, i když nevěřil, že by se ještě někdy dostal na svobodu. Na podzim roku 1944 bylo jedno z krematorií zničeno při povstání a další byla demontována na rozkaz nacistů. Dozorci začali zahlazovat stopy po svých zločinech. Členové sonderkomanda byli hromadně likvidováni, aby nemohli podat svědectví o hrůzách, které v táboře viděli. Filip Müller byl jedním z mála, kteří se zachránili tím, že se vmísili mezi ostatní vězně. "Smrti jsem ušel vlastně zázrakem," prohlásil během osvětimského procesu ve Frankfurtu roku 1964.

Přesto, že po několik válečných let balancoval na hranici života a smrti, se dožil úctyhodných 91 let.