Ves Lobkovice se poprvé připomíná v r. 1341, kdy náležela bratřím Bohuňkovi a Vavřincovi z Lobkovic. V l. 1356–1357 se připomíná Raimund z Lobkovic. V l. 1367–1377 náležely Lobkovice pražskému měšťanovi Mikuláši Čotrovi, od r. 1385 až do konce 14. století význačnému politikovi a osobnímu příteli  krále Václava IV. Janů Čúchovi ze Zásady. Tvrz se poprvé připomíná v r. 1403, kdy náležela pražskému měšťanovi Prokopu Kruknerovi. Zakladatel si vybral pro tvrz výhodně položené místo chráněné svahy ostrohu a bažinami. Pouze na západní straně bylo tvrziště v úrovni okolí, takže zde bylo nutno vybudovat umělé opevnění v podobě valu a příkopu. Z tohoto opevnění je zachován příkop před západním traktem dnešního zámku.


Původně asi byla tvrz jen dřevěná. Po r. 1403 se majitelé Lobkovic velmi rychle střídali, až v r. 1409 získal tvrz a ves Lobkovice s dalšími dvěma vesnicemi Mikuláš z Újezda, řečený Chudý; v r. 1410 již užíval přídomku z Lobkovic. Tento Mikuláš je předkem význačného českého feudálního rodu Lobkoviců.


Mikuláš přistoupil k přestavbě původní tvrze v rozsáhlejší gotický věžovitý objekt. Jádrem této tvrze byla třípatrová hranolová věž z lomového kamene zachovaná v jižním traktu dnešního zámku. V přízemí věže je dosud původní gotická valená klenba. Patra věže byla navzájem oddělena pouze trámovými stropy. Součástí tvrze byla pravděpodobně ještě obytná budova stojící v místech dnešního západního křídla zámku. Z té asi vedl most do prvního patra věže. Její jednotlivá patra byla propojena jen dřevěnými schodišti.


Po Mikulášovi náležela tvrz až do jeho smrti v r. 1435. Lobkovice po něm zdědili synové Mikuláš a Jan Popel. V r. 1445 se o otcovský majetek rozdělili, přičemž Lobkovice připadly Janu Popelovi. Ten byl odpůrcem Jiřího z Poděbrad, jehož vojsko v r. 1450 lobkovickou tvrz oblehlo a dobylo. V r. 1451 Jiří z Poděbrad tvrz Janu Popelovi vrátil a ten se potom stal jeho stoupencem. Později získal lobkovickou tvrz Albrecht Jiří z Očedělic, připomínaný jako majitel Lobkovic poprvé v r. 1489. Ale již v r. 1490 zemřel a potom se zde rychle vystřídalo několik vlastníků, až v r. 1496 ji získal Beneš Sekera ze Sedčic. Sekerům ze Sedčic náležely Lobkovice s tvrzí až do r. 1615, kdy je Jan Ratibor Sekerka ze Sedčic prodal Václavovi Majskému ze Sobíšku, erbovnímu měšťanovi Starého Města pražského.


 Za Sekerků došlo v průběhu 16. nebo na počátku 17. století k rozšíření nevelké gotické tvrze v renesanční zámek. Nejspíš se tak stalo za Jana Ratibora Sekerky, neboť v průběhu 16. století se v písemných zprávách v Lobkovicích vždycky uvádí tvrz, zatímco v r. 1610 se poprvé připomíná zámek. Renesanční přestavbou vznikla čtyřkřídlá jednopatrová stavba, hlavním průčelím obrácená k západu. Příkop tvrze byl překlenut zděným kamenným mostem, který nahradil původní most zvedací. Do jižního křídla nově vybudovaného zámku byla pojata věž tvrze a interiér jejího prvního patra byl propojen s interiéry přistavěných budov. Do západního křídla byly pravděpodobně pojaty některé obvodové zdi starší obytné budovy tvrze. Z renesanční přestavby Sekerků se zachovala půdorysná dispozice dnešního zámku, část obvodových zdí a renesanční vstupní portál v západní průčelí. Ostatní renesanční architektonické detaily při pozdějších úpravách zámecké budovy zmizely.


Václav Majský prodal již v r. 1616 lobkovický zámek Polyxeně z Lobkovic, rozené z Pernštejna. Tak se původní rodové sídlo opět vrátilo Lobkovicům, ale zámek tehdy ztratil charakter šlechtického sídla a stal se jen administrativním střediskem panství a obydlím úředníků. Za třicetileté války byl zámek několikrát vydrancován vojskem, zvláště v r. 1620 a 1630. V r. 1658 stály ze zámku jen obvodové zdi, budova byla bez střech a stropy v interiéru byly zčásti propadlé. Jen věž zámku byla v této době zastřešena. Zpustlý zámek nesloužil již ani jako administrativní centrum statku, neboť Lobkovice byly v l. 1623–1655 spojeny se statkem v Obříství. V r. 1677 vytvořil Václav Eusebius z Lobkovic opět samostatné lobkovické panství, k němuž náleželo šest vsí. Toto panství se stalo součástí lobkovického fideikomisu, jehož ústřední správa byla umístěna v Nelahozevsi.


K opravě zpustlého lobkovického zámku došlo až v r. 1679 za knížete Ferdinanda Augusta z Lobkovic. Plán opravy a přestavby zámku vypracoval význačný italský architekt Antonio Porta, působící v lobkovických službách. Při přestavbě byly nově upraveny interiéry budovy, provedeno nové zastřešení a nové fasády. K jihozápadnímu rohu původního zámku bylo přistavěno boční jednopatrové barokní křídlo obdélníkového půdorysu se čtvrtkruhovitě vyříznutým západním nárožím. V tomto prostoru byl umístěn hlavní vchod do bočního křídla, zdobený barokním portálem. Úpravami provedenými Antoniem Portou získal lobkovický zámek v podstatě dnešní vzhled. Přestavěný zámek však stále sloužil jen jako obydlí hospodářských úředníků. V r. 1829 za Ferdinanda Josefa z Lobkovic byly Lobkovice vyčleněny z rodového fideikomisu a prodány pražskému advokátovi Janu Měchurovi.

Nový majitel, který chtěl v Lobkovicích sídlit, přistoupil k opravě chátrající zámecké budovy. Především byly upraveny a zmodernizovány interiéry, opraveny střechy a fasády. Celkový vzhled budovy se však téměř nezměnil. Dcera Jana Měchury Terezie, která v r. 1840 zdědila lobkovický zámek, byla manželkou Františka Palackého. Palacký si zámek velmi oblíbil a často zde pobýval. Na lobkovickém zámku prožil téměř celé období bachovského absolutismu, kdy musel zanechat veřejné politické činnosti. Na vlastní přání byl František Palacký také v Lobkovicích na starém, dnes již zrušeném hřbitově dne 31. 5. 1878 pohřben. Na pobyt Palackého na lobkovickém zámku upomíná pamětní deska nad hlavním vchodem do zámku.

 Po smrti Františka Palackého zdědil lobkovický velkostatek i se zámkem jeho syn JUDr. Jan Palacký. Ten prodal v r. 1897 Lobkovice knížeti Mořicovi z Lobkovic, který usiloval o získání nejstaršího rodového sídla. Zámek se po r. 1897 změnil opět jen v obydlí lobkovických úředníků. Majetkem Lobkoviců zůstal zámek až do r. 1948.

V r. 1948 se zámek stal majetkem státu a byl spravován MNV v Lobkovicích. V zámku depozitář Národního technického muzea. Počátkem 80. let převzala zámek filozofická fakulta Karlovy univerzity v Praze a byla zahájena jeho úprava na depozitář knihoven a studijní středisko. Rovněž se počítá se zřízením obřadní síně Měst. NV Neratovice a pamětní síně Františka Palackého.

Zámek stojí na východním okraji obce. Je to jednopatrová čtyřkřídlá budova krytá valbovou střechou. K západu vystupuje z hlavní budovy boční křídlo. Částí jižního křídla je mohutná třípatrová hranolová věž, krytá stanovou střechou.