V létě 1990 nastoupil na středoevropský odbor FMZV a k prosinci 1990 byl jmenován vyslancem na pobočce zastupitelského úřadu v Berlíně, kde působil až do léta 1995. Po návratu na MZV působil na 1. teritoriálním odboru a na Odboru analýz a plánování a r. 1996 byl penzionován. V roce 1998 byl na návrh prezidenta Václava Havla jmenován druhým českým velvyslancem ve Spolkové republice Německo. Úřad zastával nejprve v Bonnu a po přestěhování úřadu na podzim 1999 v Berlíně až do dubna 2001, poté odešel do výslužby.

Česko-německými a česko-sudetoněmeckými vztahy se František Černý zabýval i v penzi, mimo jiné je spoluzakladatelem Pražského literárního domu autorů německého jazyka. František Černý je nositelem Záslužného řádu SRN, Umělecké ceny česko-německého porozumění Spolku Adalberta Stiftera, Pamětní medaile Wenzela Jaksche Seligerovy obce a také Medaile za zásluhy o diplomacii. Žil v Praze na Masarykově nábřeží se ženou Helenou, má dceru Kateřinu a syna Alexandra.